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在近未来时代，从人类的思考和情感能量化形成的“e-脉冲”（e-Pulse），被用作AI设备“辅助蛋”（Sapotama）的能源。人类迎来了全新的变革，然而在这背后，可怕的怪物出现了。通过吞噬e-脉冲实现进化的生命体，其名为“数码兽”。2050年5月的光滨市，天马智郎因与突然从辅助蛋中现身的守宫兽相遇，被卷入了非日常的世界。在与以赚取赏金为生计的“闪耀黎明”（Glowing Dawn）团队的泽城京等人共同生活的过程中，天马智郎重新下定了决心。人类与数码兽将共同描绘的全新未来究竟是什么……
